Collectanea Botanica publica artículos originales e inéditos sobre taxonomía y sistemática vegetal y fúngica y campos relacionados, como la biogeografía, bioinformática, citogenética, conservación, ecofisiología, filogenia, filogeografía, florística, morfología funcional, nomenclatura o relaciones planta-animal, incluyendo trabajos de síntesis y revisión.

La revista tiene periodicidad anual. Envía información sobre las nuevas especies publicadas para que sean incluidas en las bases de datos TROPICOS, (International Plant Name Index o IndexFungorum ). Aparece indizada en Scopus/Elsevier y otras prestigiosas bases de datos nacionales e internacionales.

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